Após a celebração do contrato de apoio ao projeto a Instituição Responsável pelo Projeto deverá apresentar os dados da conta bancária (sem recursos previamente existentes) que deverá ser utilizada exclusivamente para o recebimento dos recursos e para todos os gastos do projeto. 
Sugere-se que esta conta seja aberta e informada antes ou junto com a devolução do contrato de doação a fim de acelerar o primeiro desembolso ao projeto. 
A abertura da conta especial do projeto pode ser feita em qualquer instituição bancária autorizada pelo Banco Central. É requisito para o primeiro desembolso a demonstração de saldo “zero” na conta especial do projeto. 
Os desembolsos serão processados pelo FUNBIO apenas quando fornecidos e mantidos atualizados por escrito os seguintes dados: 
a. Titularidade da conta; 
b. O número e o nome do banco e da agência bancária; 
c. O número da conta corrente; 
d. O nome e os contatos do Coordenador e Ordenador do Projeto de acordo com os dados cadastrais anexados ao contrato. 
A Instituição Responsável pelo Projeto deverá efetuar aplicações financeiras automáticas em fundos de renda fixa de curto prazo. As aplicações deverão sempre ser vinculadas à conta, ou seja, toda a movimentação ocorrerá automática e diretamente através da conta corrente. 
A conta especial do projeto mantém apenas recursos do projeto, não podendo ser utilizada para depósitos/retiradas para outros projetos nem abrigar recursos de contrapartida. 
A movimentação da conta é restrita às necessidades do cumprimento dos compromissos descritos no projeto e Plano de Trabalho aprovados.